Fin dall’8 APRILE 1510, cioè neppure un mese dopo l’Apparizione, i Francescani prestano servizio nel Santuario, chiamati qui dal Consiglio Comunale di Motta.

Il disegno del Convento è semplice ed elegante: due chiostri e due cortili, disposti simmetricamente, formano un quadrato perfetto. Nel 1957-58 tale simmetria è stata ritoccata con la ricostruzione del Seminario dei Chierici Studenti, che richiese l’allungamento di un’ala del fabbricato.

Nei due CHIOSTRI, dai colonnati agilissimi, si respira l’armonia classica del Cinquecento oltre che la pace francescana. Al centro del «CHIOSTRO di S. FRANCESCO», vicino all’antico pozzo, vi sono voliere con tortorelle e canarini, che salutano festosamente i pellegrini.

Passeggiando sotto le arcate del «CHIOSTRO di S. FRANCESCO» si può ammirare in tutta la sua altezza il CAMPANILE svettante, costruito subito dopo la Chiesa, con la cella campanaria ornata di bifore veneziane e la cuspide ottagonale, su cui troneggia un Angelo alato. Il CAMPANILE è dotato di un magnifico concerto di campane, azionate elettricamente, di cui fu inciso anche un disco.

Nel «CHIOSTRO di S. ANTONIO», un caratteristico pozzo ricorda usi e costumi di altri tempi. Nelle lunette, attorno ai chiostri, sono dipinte storie devote di S. Francesco d’Assisi e di S. Antonio di Padova, opera di un ignoto Frate pittore del 1674.